Questa zona è la parte più meridionale del rift plio-pleistocenico del Campidano. Le recenti pulsazioni del livello del mare hanno determinato la chiusura del Golfo degli Angeli, ad opera di barre sabbiose emerse dal fondo del mare, a partire dall’isolotto biocarbonatico di Sa Illetta e dal promontorio roccioso di Cala Mosca. L’azione antropica ha fortemente condizionato l’idrodinamica, con le saline prima, l’area di Macchiareddu poi, il Porto Canale in ultimo.
Le piene invernali e le maree rappresentano il più “vigoroso motore” dei flussi idrici. Il gradiente di salinità tra le dolci acque fluviali e le salate acque di mare, contribuiscono non poco. Anche il dominante vento di maestrale ha un effetto non trascurabile. Lo scambio principale avviene attraverso l’apertura de La Scafa, con una sezione subacquea pari a 280 mq. La canalizzazione sul Porto Canale esclude il contatto con acque dolci e antropiche.
Quel che resta delle antiche bocche a mare della laguna, lungo il cordone di La Playa, oggi è in gran parte soggette ad occlusione ad opera di depositi sabbiosi. Costituivano le porte d’ingresso alle grandi vasche di evaporazione delle saline di Macchiareddu. Altro raro settore in cui i limiti della laguna non sono artificiali, ma dipendente dal livello idrico, dalla vegetazione e dalle biocenosi è quello tra Cala s’Olgai e la foce del Rio di Sestu.
L’apporto idrico proviene da un bacino imbrifero complessivo di oltre 2.200 kmq. Il Flumini Mannu drena estese regioni del Sarcidano, della Marmilla e della Trexenta. Il Rio Cixerri si origina invece dai rilievi dell’Iglesiente e dai versanti del Sulcis che guardano a nord. Rio Sa Murta, Rio Migoni e Rio Sa Nuxedda giungono dai terreni di Assemini ed Elmas. Il Rio Santa Lucia (già Rio Gutturu Mannu), dal cuore del Sulcis e dai suoi versanti ad est.